南京农业大学是我国最早设立高级园艺人才培养的机构之一，其历史可追溯到原国立中央大学园艺系（1921年，时称国立东南大学）和原金陵大学园艺系（1927年）。目前，南京农业大学园艺一级学科包括果树学、蔬菜学、观赏园艺学、茶学和设施园艺学5个二级学科。有1个园艺学博士后流动站、6个博士学位授权点（果树学、蔬菜学、茶学、观赏园艺学、药用植物学、设施园艺学）和5个硕士学位授权点（果树学、蔬菜学、观赏园艺学、茶学、设施园艺学）；其中，蔬菜学为国家和农业部重点学科，果树学为江苏省重点学科，园艺学为江苏省一级学科国家重点学科培育建设点，“园艺科学与应用”在“211工程”第二和第三期进行了重点建设，“现代园艺科学”为江苏省优势学科。园艺学科是南京农业大学“农业科学”、“植物学与动物学”ESI前1‰主要贡献学科。第四轮全国一级学科评估结果中，园艺学科进入A类，总体排名全国第三位。

学科师资队伍中，国家杰出青年基金获得者2人，国家优秀青年基金获得者1人，“万人计划”领军人才2人，国务院学科评议组成员1人，全国模范教师1人，中国青年科技奖获得者2人，全国优秀科技工作者2人，国家“万人计划”科技创新领军人才入选者2人，科技部中青年科技创新领军人才2人，教育部新（跨）世纪优秀人才9人，农业部农业科研杰出人才1人，国家现代农业产业技术体系首席科学家1人、岗位科学家7人，江苏省现代农业产业技术体系首席专家3人、岗位专家5人、基地主任2人，江苏省教学名师1人，江苏省“333人才”工程第一层次1人、第二层次3人、第三层次3人，省部级有突出贡献的中青年专家5人，入选南京农业大学“钟山学者”教学名师1人，入选南京农业大学“钟山学者”首席教授3人。围绕领军人物，建设优势团队，目前拥有农业部创新团队1个，江苏省 “青蓝工程”科技创新团队1个、优秀教学团队1个，江苏省农业产业技术创新团队3个。

近年来，园艺学科建立了全球最大的菊花、小白菜等种质资源库，国际上率先完成了梨、小白菜全基因组测序；获得授权专利121件，审定（鉴定）新品种50余个；在Nature Genetics等期刊发表SCI论文800余篇，菊花、梨和小白菜等研究领域发文量居世界第一位；创办了Horticulture Research期刊，影响因子4.554，位居JCR园艺领域世界第一名；获得国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖1项，省部级一等奖9项，为提升园艺产品的国际竞争力，提高产业效益，促进农民增收，推动产业的可持续发展作出了重要贡献。